No solamente debe certificarse el cultivo del café
sino también todas las etapas seguidas en la cadena de producción. El
beneficiado en la finca, almacenamiento, transporte, proceso para la
exportación, embarque, exportación, importación, tostado, envasado, distribución
y venta al por menor: todo tiene que estar certificado orgánicamente. Se debe
excluir el contacto con café producido convencionalmente, por lo que debe haber
una separación en el espacio, y/o en el tiempo. No se permite nunca el rociado o
fumigación con agentes tóxicos y deben adoptarse medidas especiales para impedir
el contacto con las zonas donde se han llevado a cabo fumigaciones. Se deben
llevar registros del café que entra y sale para que todo el flujo de productos
pueda documentarse y seguirse, por lo que a menudo se hace referencia a la
trazabilidad. Por consiguiente todas las etapas de la cadena deben documentarse
y administrarse de modo que sea posible seguir su pista hasta el origen del
producto, paso a paso (pista y trazo) asegurandose que no haya contaminación con
el café convencional. Esta trazabilidad reduce al mínimo el riesgo de fraude en
todas las etapas y es una parte muy importante del proceso de inspección de las
organizaciones certificadoras.
La adición de aromatizantes al café tostado son
permitidas si se aplican sustancias o preparados aromatizantes naturales. En el
envasado de café tostado se permite rellenar con nitrógeno o dióxido de carbono.
Para el descafeinado del café no se permiten solventes químicos (por ejemplo,
cloruro de metilo), pero puede usarse el método del agua o el supercrítico
método del dióxido de carbono (método del CO2).